INCAE se gobierna a través de su Consejo Directivo y la administración directa del Rector y la facultad.
En los países miembros, la comunidad empresarial está representada en INCAE por medio de un Comité Nacional, constituido por ciudadanos distinguidos que respaldan y retroalimentan al INCAE. Los presidentes de dichos Comités forman parte del Consejo Directivo de INCAE.
Un Comité Asesor coordina las relaciones interinstitucionales entre Harvard e INCAE, apoyando y asesorando en aspectos académicos. Este Comité está formado por distinguidos profesores de la Escuela de Negocios de la Universidad de Harvard, que participan también como facultad visitante en nuestros programas.