El énfasis que INCAE y otras entidades regionales y nacionales han hecho en la importancia del clima de negocios y el fortalecimiento de clusters, ha dado como resultado la institucionalización de programas nacionales de competitividad en los países a los que sirve, así como en varias iniciativas regionales. La importancia de estos programas requiere la dedicación de recursos técnicos de apoyo a los gobiernos, la sociedad civil y las asociaciones del sector privado de la región, para la implementación de proyectos específicos, que contribuyan a incrementar la competitividad de sus economías, especialmente en sectores, industrias y/o regiones clave.
Un ejemplo del trabajo de CLACDS en esta área es el apoyo conceptual y de facilitación de procesos que se está dando en Honduras a la Fundacion para la Inversión y Desarrollo de Exportaciones (FIDE) y al recientemente creado Programa Nacional de Competitividad de Honduras, para el desarrollo del Diálogo Nacional sobre Competitividad y la organización de grupos de trabajo sobre temas del clima de negocios así como clusters específicos que incluyen la industria maquilera, la agroindustria y el turismo, entre otros.
En forma similar, se tiene programado apoyar la implementación de la Agenda Nacional de Competitividad, recientemente anunciada por el Presidente de Costa Rica, y se está apoyando apoyando al gobierno y al sector privado de Nicaragua para apuntalar el trabajo del Programa Nacional de Competitividad facilitando la organización de las diferentes instituciones involucradas en el tema, y del seguimiento a grupos de trabajo. En Panamá, se ha desarrollado una investigación con el fin de presentar el diagnóstico de competitividad de la economía Panameña ante un foro del sector privado, como parte del apoyo a los proyectos de competitividad que se están definiendo en ese país.
A nivel regional, el INCAE forma parte del Grupo Técnico de apoyo al Plan Puebla Panamá, iniciativa que incluye a México, Centroamérica y Panamá, y que pretende mejorar las condiciones de desarrollo de los países involucrados a través de la implementación de diversos proyectos regionales. Algunos de esos proyectos se derivan la agenda que la región presentó a los donantes internacionales en Madrid en el año 2001, que retomó el contenido de la Agenda Centroamericana para el Siglo XXI, desarrollada por CLACDS y presentada en 1999.