Consejo Directivo
Es la suprema autoridad de INCAE Business School. Está integrado por un Director de cada país miembro, quienes a su vez son los Presidentes de los Comités Nacionales de dichos países. Asimismo, cuenta con Directores sin adscripción territorial, un Presidente, un Vicepresidente y el Rector. Dentro sus principales funciones se encuentran:
- Delinear la política general del Instituto.
- Aprobar, con el concurso de la Facultad, la Misión del Instituto y sus planes y estrategias a largo plazo.
- Velar por la excelencia académica del Instituto.
- Aprobar los diferentes rangos del escalafón académico y las condiciones generales para el nombramiento, promoción y remoción de la Facultad.
- Aprobar los programas de grado; y velar porque todas las actividades sean consistentes con la Misión y objetivos del Instituto.
- Acordar el conferimiento de grados académicos a los candidatos que hubiesen completado satisfactoriamente los programas de estudio correspondientes.
- Otorgar grados Honoríficos y otras distinciones.

Consejo Asesor del Rector
Está formado por líderes de América Latina y Estados Unidos, quienes brindan apoyo, perspectiva e ideas externas al Instituto para asegurar que INCAE y sus programas continúen reflejando y respondiendo a los problemas críticos que enfrenta la región.
Comités Nacionales
La fundación de INCAE en la década de los 60 fue liderada por una asociación de empresarios centroamericanos, encabezada por Francisco de Sola. De esta asociación nacieron posteriormente los Comités Nacionales de INCAE, instancias guía y de apoyo para el crecimiento y desarrollo de la institución en cada uno de los seis países fundadores. En el año 1982, Ecuador se incorpora como el séptimo país miembro de INCAE.
En la actualidad, los Comités Nacionales contribuyen a elevar el impacto de INCAE en cada uno de los países en los que sirven, por medio de:
- Representación del sentir de cada país miembro de INCAE, por medio de la participación de su presidente en el Consejo Directivo.
- Asesoría sobre la pertinencia de los programas de INCAE para responder a las necesidades de cada país.
- Identificación de áreas en las que INCAE puede apoyar el desarrollo de un país miembro.
- Fomento del interés público en programas y actividades de INCAE.
- Apoyo a la institución en el acercamiento e involucramiento de sus graduados.
- Acompañamiento a la institución en el proceso de recaudación de fondos.
INCAE mantiene sus Comités Nacionales en: Costa Rica, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua y Panamá.